La chiesa di san Francesco ebbe origine da una donazione effettuata nel 1278 da Ubertino Landi ai Frati Minori; comprendeva una serie di case, abbattute dai frati per dare inizio all’erezione di una nuova chiesa, portata a termine in breve tempo con l’annesso convento. Nel 1797 in seguito alla soppressione dell’ordine, fu trasformata in ospedale e in magazzino, la scalinata d’accesso fu sostituita da uno scivolo con terra di riporto. Nel 1806 fu riaperta con intitolazione a San Napoleone e nel 1818 eretta in parrocchia dal vescovo Scribani Rossi con la dedicazione originaria. Dal 1842 iniziarono interventi di restauro. Nel 1940 sul lato nord fu montato il portale della distrutta chiesa di Sant’Andrea. In seguito la quasi totalità del convento fu demolita per opera del comune.
La facciata a vento monocuspidata, in mattoni a vista, presenta due livelli segnati da una cornice orizzontale, ed è tripartita da contrafforti. Su paraste e contrafforti si aprono, nella parte alta, nicchie ad arco a tutto sesto. Al centro della vela superiore vi è un ampio rosone strombato; ai lati due oculi e in alto due monofore all’interno di cornice rettangolare. Archetti pensili intrecciati decorano i rampanti della facciata, che termina con tre pinnacoli ottagonali, decorati con lesene a semicolonna e con cella aperta superiore a colonnine con archi a sesto acuto, coperta da una guglia conica in mattoni.
L’importante portale tardogotico lombardo in marmo, strombato con cordonature multiple, fu commissionato a Guiniforte Solari nel 1454 e completato da altra mano. Al di sopra dell’architrave del portale una lunetta reca il bassorilievo di San Francesco. I due portali minori, in pietra, a luce rettangolare, sono sovrastati da alte e profonde monofore a tutto sesto. Sul fronte destro si addossa il porticato dell’ex convento dei Francescani con arcate a tutto sesto su pilastrini in cotto a pianta quadrata. Il campanile a pianta quadrata si addossa al braccio sud del transetto e termina con una cella a trifore. L’interno è a tre navate con volte a crociera, separate da possenti pilastri su cui si impostano archi ogivali. Sulla seconda campata di destra si apre la cinquecentesca cappella dedicata alla Immacolata Concezione, voltata a cupola con lanterna e decorata da affreschi di Giovanni Battista Trotti, detto il Malosso, autore anche della pala d’altare (1603). Il contratto per la decorazione della cappella dell’Immacolata Concezione fu steso nel 1599; il Malosso doveva completare la sua opera entro la primavera del 1600 ma il lavoro si protrasse fino alla consegna della magnifica pala con l’Immacolata Concezione, la cui complessa iconografia, a partire dal globo di concezione tolemaica su cui siede la Vergine (la terra al centro dell’universo e dei nove cieli retti da intelligenze angeliche), è stata oggetto di studi significativi. Dal punto di vista stilistico sono da sottolineare i notevoli scorci prospettici e gli evidenti riferimenti alla cultura del Correggio.
Nella cappella successiva si ammira la Discesa dello Spirito Santo di Giuseppe Nuvolone (1681). In controfacciata, invece, la Moltiplicazione dei pani e dei pesci del marchigiano Benedetto Marini (1625), attivo anche in Santa Maria di Campagna, la Madonna con Bambino e santi francescani di Orazio Camia (1615-1630), la Pietà e santi di Bernardo Castello della fine del XVI secolo. Sopra la porta della sacrestia si nota un dipinto murale datato alla metà del Trecento, con la Madonna della Misericordia, diavoli volanti e, forse, un monaco seduto, riferito a Bartolomeo e Jacopino da Reggio.
Tra gli stucchi di gusto barocco che decorano parti della chiesa, si segnala nel deambulatorio del coro, su cui si aprono in modo divergente quattro cappelle poligonali ritmate da monofore, il Compianto su Cristo morto di Domenico Reti (1670-1680). Da segnalare anche la scultura lignea del Cristo crocifisso di Giovan Angelo Del Maino della prima parte del Cinquecento.
