La chiesa conserva la struttura conventuale del XIII secolo. I Domenicani giunsero a Piacenza intorno al 1220 e, a seguito di donazioni ricevute nei pressi del rio Beverora, fondarono una chiesa con annesso monastero, dedicata a San Giovanni “in canale” per distinguerla da altre omonime e per sottolineare la rete idrica presente nella zona.
Vicino alla chiesa si trovava quella di Santa Maria del Tempio sede dell’ordine dei Templari che, dopo la soppressione, nel 1312, subì un’inevitabile decadenza fino a scomparire nella seconda metà del secolo scorso. I Domenicani furono, a Piacenza, i custodi dell’Inquisizione (si può ancora vedere la sala delle udienze) che venne soppressa nel 1797 sotto la dominazione francese. All’interno, di notevole interesse sono i monumenti sepolcrali di cui uno del XIV secolo appartenente alla famiglia Scotti. Nei secoli XVI e XVII, l’ambiente venne rimaneggiato con stucchi e dorature. La maestosa cappella del Rosario, in stile neoclassico, è decorata con tele di Gaspare Landi e Vincenzo Camuccini.
Di grande suggestione sono gli affreschi settecenteschi del santuario (presbiterio e coro), realizzati tra 1721 e 1734 dai quadraturisti Giovan Battista e Francesco Natali con i figuristi Sebastiano Galeotti e Bartolomeo Rusca. A Giuliano Mozani (1733) si debbono l’altare con le statue dei due santi Pontefici Domenicani. Da segnalare importanti dipinti un tempo nelle cappelle e il Ritratto di Orazio Scotti di Giuliano Finelli nella cappella di Santa Caterina.