Il Museo, realizzato ed inaugurato in occasione del Millenario della fondazione della Diocesi e della Città di Bobbio (1014-2014), da parte di S. Enrico imperatore ha sede nel piano nobile del Palazzo Vescovile (sec. XI-XVIII) e nelle stanze poste sopra la navata destra della Cattedrale.
La sala d’ingresso è dedicata a mons. Pietro Zuccarino, ultimo vescovo della diocesi, deceduto nel 1973. Sono qui esposti oggetti a lui appartenuti: piviale, mitra e stola, opera del Laboratorio Beato Angelico di Milano; Via Crucis in madreperla, proveniente dalla Terra Santa; calice in oro e argento, anelli episcopali, pastorale, brocca e bacile d’argento.
Sulla parete sinistra, grande mappa con i confini della diocesi e i nomi di tutte le 71 parrocchie, quali esistevano nel 1968 dopo l’acquisizione di alcune di esse dalla diocesi di Tortona.
Il salone dei Vescovi ospita pastorali, uno particolarmente prezioso, quello del Vescovo Mondani (1472-1482), mitre e paramenti.
La sala è affrescata con medaglioni raffiguranti tutti i Vescovi che si sono succeduti sulla Cattedra bobbiese, intervallati ad allegorie.
A seguire la sala del trono, dove avvenivano le udienze episcopali, espone reliquiari, calici, ostensori, pianete, piviali e quadri.
La saletta che precede la cappella è qualificata dal dipinto murale con l’Adorazione dei Magi. L’autore è Francesco Porro, il pittore che ha realizzato il ciclo dedicato all’Assunta in cattedrale e la decorazione del salone nel palazzo vescovile; l’attigua saletta, in origine dedicata ad archivio, conserva intatto l’arredo ligneo settecentesco con stemma del vescovo Carlo Cornaccioli.
Nella cappella vescovile si trova una Resurrezione, pala d’altare di Domenico Bonvisino (1624), alcuni antichi libri liturgici, un codice miniato e la stola detta di San Carlo Borromeo. Testimonianza della fede popolare sono i reliquiari conservati nella successiva saletta.
Le ultime stanze sono dedicate ad arredi provenienti dalle parrocchie della zona e ad opere pittoriche tra le quali si evidenzia Gesù nell’orto i Getzemani della scuola di Jacopo da Bassano e un dipinto raffigurante San Francesco d’Assisi di scuola ligure barocca. Conclude il percorso espositivo lo studiolo di Sant’Antonio Gianelli, con cimeli e volumi che gli appartennero.
