In presbiterio, su cantoria seicentesca in cornu evangelii, si trova l’organo a canne meccanico Adeodato Bossi-Urbani del 1861.
Lo strumento consta di due tastiere di 61 tasti (Do1-Do6) e una pedaliera dritta di 24 pedali con 12 note (Rit. dal Do13). I registri del Grand’organo e del Pedale, con base 16 piedi, sono azionati da manette lignee estraibili “alla lombarda” disposte su tre colonne a destra della consolle a finestra. L’Organo Eco Espressivo (con gelosie) si trova in locale apposito sotto la cantoria e le sue manette, non estraibili, si trovano a sinistra delle tastiere.
Lo strumento fu inaugurato dal Maestro Prospero Galloni di Piacenza e da Padre Davide da Bergamo (al secolo Felice Moretti), che consigliò aggiunte in fase di costruzione. Entrambi fecero poi parte della giuria per l’assegnazione del posto di organista titolare.
L’organo è stato restaurato dalla Bottega Artigiana Fratelli Piccinelli di Ponteranica (BG) nel 1967.