In seguito all’apparizione miracolosa di Maria avvenuta intorno al 1496-1497, sorse a Bettola una chiesa, poi affidata ai Francescani che costruirono nei pressi il loro convento. L’edificio sacro divenne meta di pellegrinaggi anche illustri e, quando nel 1829 il borgo di San Giovanni venne eretto a parrocchia autonoma, si decise di elevare un nuovo santuario. , su progetto dell’ingegner Guglielmo Della Cella. La prima pietra della nuova costruzione, progettata dall’ingegner Guglielmo Della Cella, fu posta dal vescovo Scalabrini il 15 ottobre 1879; la consacrazione dell’edificio avvenne il 31 maggio 1885.
Il santuario, dotato di facciata neogotica a salienti ispirata al romanico toscano nella bicromia a fasce orizzontali bianche e nere, accoglie nella nicchia absidale l’antica statua mariana della Madonna della Quercia (divenuta patrona della Val Nure per emanazione papale dal 1962), pervenuta dal piccolo oratorio in cui fu ricoverata nel 1817, dopo la soppressione del convento francescano.
Nel 1964 i tre portali esterni sono stati impreziositi con lunette bronzee fuse su modelli di Ludovico Poliaghi del 1920 e raffiguranti San Giovanni, la Madonna della Quercia e il Battesimo di Gesù. L’interno a tre navate è stato arricchito, su iniziativa di Don Lugi Bottazzi, da Luciano Ricchetti, cui si devono i cartoni delle sei vetrate con episodi della vita della Madonna, approntate dalla ditta Gianina di Torino (1958), i dipinti murali dedicati all’Incoronazione della Vergine e a scene sacre (1958), la Via Crucis (1959).
In particolare si segnala l’Apparizione della Madonna della Quercia nell’abside. Al centro della raffigurazione compare l’albero del fatto miracoloso con cori angelici tra le fronde; alla base rendono onore a Maria autorità ecclesiastiche, tra cui papa Pio XII, il cardinale Mario Nasalli Rocca, Sant’Antonio Maria Gianelli e padre Paolo Segneri e, a destra, la pastorella protagonista dell’apparizione è genuflessa insieme a fedeli, notabili, ammalati e contadini della Val Nure. Sullo sfondo collinare spiccano pecore al pascolo, una chiesa e una piccola cappella.
Mensa d’altare, ambone e sede del celebrante in marmo del santuario sono opera di Paolo Perotti del 1970.
A destra della chiesa si innalza la torre campanaria, in pietra a vista a fasce policrome avvicendate (1929).