L’origine della devozione risale alla seconda metà del XIV secolo, quando Adriano Repetino fece dipingere sull’esterno di un muro di sua proprietà una Madonna in trono col Bambino i cui lineamenti mutarono prodigiosamente nel 1472. Da quel momento il culto aumentò, si verificarono i primi miracoli e si decise di racchiudere l’immagine entro un sacello esagonale per proteggerla. Dal 1611, a seguito di nuovi prodigi, il vescovo Bellini denominò l’immagine Beata Vergine dell’Aiuto e dal 1621 iniziò la costruzione di una chiesa vera e propria intorno alla cappella, su progetto di maestro Andrea originario del Lago di Como. I lavori si protrassero a lungo, sino al 1836. Nel 1929, su progetto di Ettore Mayer, si apportarono modifiche alla facciata di ispirazione neoclassica, dotata di due ordini con cinque nicchie per le statue in stucco della Beata Vergine dell’Aiuto, di San Rocco, San Cristoforo, Sant’Antonio e San Colombano (opere di Cristoforo Ciseri del 1659).
L’interno, decorato da Vittorio Pittaco nel 1912, presenta navata unica voltata a botte di quattro campate con cupola sovrastante il transetto ed è concluso da semicupole alle estremità dei bracci, al di sopra delle cappelle della Madonna di Loreto (a sinistra) e del Santissimo Sacramento (a destra). Queste ultime, decorate con ancone in stucco di Ciseri del 1660, accolgono rispettivamente la statua della Madonna di Loreto del 1654 e il dipinto di Salvatore Pozzi del 1656 Madonna con Gesù Bambino, Sant’Anna, San Bernardino, Sant’Antonio, Sant’Alessio, San Sebastiano e San Colombano.
Delle cappelle che si affacciano sulla navata, la prima a sinistra è dedicata alla Visitazione, scena raffigurata nel dipinto di Salvatore Pozzi del 1650, quella opposta al Transito di San Giuseppe (olio su tela del 1654). Nell’abside è esposta l’Annunciazione di Monsù Payno del 1658, dal Guercino. Dalla cripta, che accoglie una bella statua lignea seicentesca di Sant’Alessio, si accede al sacello della miracolosa effigie quattrocentesca cui è dedicato il santuario, racchiusa entro altare del 1807.
La decorazione pittorica dell’ambiente risale al XIX secolo. Le vetrate policrome sono di Aristide Albertella (1968), anno in cui l’edificio fu dichiarato basilica minore.